Kompetencje Państwowej Inspekcji Sanitarnej według projektu posłów PO (PIWiŻ) oraz według projektu założeń Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi (PIBŻiW) ma przejąć Nowa Inspekcja w zakresie nadzoru nad bezpieczeństwem żywności i żywienia, a tym samym przesunięcie dbałości o zdrowie polskiego społeczeństwa z Ministerstwa Zdrowia do Ministerstwa Rolnictwa. W projekcie zakłada się, że nowa inspekcja z „automatu” połączy pracowników o statusie służby cywilnej  trzech inspekcji podległych Ministrowi Rolnictwa  i Rozwoju Wsi, natomiast w ogóle nie określa się czy i w jaki sposób  pracownicy zatrudnieni w stacjach sanitarno-epidemiologicznych, nie będących urzędami,  a podmiotami leczniczymi, mogliby się stać pracownikami służby cywilnej zatrudnionymi w nowej inspekcji.

Zdaniem związkowców oraz wielu ekspertów, wprowadzenie ustawy może stanowić duże zagrożenie dla bezpieczeństwa zdrowotnego Polski. Projekt ustawy zakłada, że do konkursu na stanowisko wojewódzkiego i granicznego inspektora bezpieczeństwa żywności będą mogły przystąpić wyłącznie osoby będące lekarzami weterynarii. Jest to nieuzasadniony niczym przykład ograniczania dostępności do stanowisk kierowniczych w służbie cywilnej m.in. lekarzom medycyny oraz innym osobom posiadającym wykształcenie wyższe i specjalizację z obszaru zdrowia publicznego. Lekarze przewidziani są w projekcie jako personel pomocniczy dla lekarzy weterynarii. To dość kuriozalne rozwiązanie w służbach, których celem jest profilaktyka i dbałość o zdrowie społeczeństwa. W Sanepidach pracują lekarze, nie weterynarze. Jeśli ta ustawa wejdzie w życie, zaprzepaszczone zostaną dotychczasowe osiągnięcia Państwowej Inspekcji Sanitarnej. Doprowadzi to do likwidacji doskonale działających laboratoriów oraz utratę wysoko wykwalifikowanej kadry, realizującej zadania związane z bezpieczeństwem żywności, a tym samym z bezpieczeństwem państwa i jego obywateli. ,,Należy podkreślić, że liczba obiektów żywności i żywienia nadzorowanych przez organy Państwowej Inspekcji Sanitarnej jest znaczna. W skali kraju, w 2013 r., objęto nadzorem 384 572 tego typu zakłady, zaś liczba kontroli sanitarnych przeprowadzonych przez pracowników PIS wyniosła ponad 330 tys.” – napisała w opinii na temat projektu Wielkopolski Państwowy Wojewódzki Inspektor Sanitarny. 

Kontrole w obszarze nadzoru na higieną żywności i żywienia sprawuje ok. 3200 pracowników Sanepidu. Trudno wyobrazić sobie skuteczny nadzór nad żywnością, przy założeniu, że w struktury nowej inspekcji nie zostaną włączeni zajmujący się obecnie tymi zadaniami pracownicy PIS. W kompetencjach Sanepidu znajduje się także nadzór nad preparatami do początkowego żywienia niemowląt, środkami spożywczymi specjalnego przeznaczenia żywieniowego czy suplementy diety. Zagadnienia te są niezwykle ważne ze względu na swoje przeznaczenie żywieniowe i nadzór nad nimi wymaga specjalistycznej wiedzy.

Związkowcy „Solidarności” z Inspekcji Sanitarnej oraz pracownicy organizują spotkania, debaty, odwiedzają biura posłów i senatorów podczas, których  proszą o wycofanie ustawy o PIWiŻ. W tych działaniach mają oficjalne poparcie Głównego Inspektora Sanitarnego, jak również Rady Sanitarno-Epidemiologicznej przy Głównym Inspektorze Sanitarnym. Ich zdaniem najlepszym rozwiązaniem jest uszczegółowienie współpracy poszczególnych Inspekcji w oparciu o rozporządzenia szczegółowe, a nie ich niszczenie.

820 specjalistów pracuje w laboratoriach Sanepidu.